Puncte:0

Problemă de rulare în paralel pentru PETSc

drapel in

Am Ubuntu 20.04.3 LTS ca mașină invitată.Am instalat SU2 v7.2.1. Nu am nicio problemă la rularea în serie. Pot rula în paralel câteva tutoriale (de exemplu cu: mpirun -np 6 SU2_CFD example.cfg). Cu toate acestea, pot rula în serie un tutorial (python3 /home/karae16/Documents/SU2-7.2.1/bin/fsi_computation.py -f fsi.cfg), dar nu îl pot rula în paralel cu comanda dată pe site-ul oficial al SU2. Ma poate ajuta cineva? Memoria de bază este de 7188/16384 MB. Am instalat PETSc cu sudo. Nu-mi amintesc dacă folosesc sudo sau pip3 pentru Petsc4py Eroarea pe care o primesc este:

mpirun -np 6 python3 -m mpi4py /home/karae16/Documents/SU2-7.2.1/bin/fsi_computation.py --parallel -f fsi.cfg

[5] EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[5]EROARE PETSC: Semnal prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil accesul la memorie în afara intervalului

[5]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[5]PETSC EROARE: sau vezi https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[5]EROARE PETSC: sau încercați http://valgrind.org pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[5]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[5]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.

[3] EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[3] EROARE PETSC: Semnalul prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil acces la memorie în afara intervalului

[3]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[3]EROARE PETSC: sau vezi https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[3]EROARE PETSC: sau încercați http://valgrind.org pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[3]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[3]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.

[4] EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[4] EROARE PETSC: Semnalul prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil acces la memorie în afara intervalului

[4]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[4]EROARE PETSC: sau vezi https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[4]EROARE PETSC: sau încercați http://valgrind.org pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[4]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[4]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.

[0]EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[0] EROARE PETSC: Semnal prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil acces la memorie în afara intervalului

[0]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[0]EROARE PETSC: sau vedeți https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[0]EROARE PETSC: sau încercați http://valgrind.org pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[0]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[0]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.

[1]EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[1]EROARE PETSC: Semnalul prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil acces la memorie în afara intervalului

[1]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[1]EROARE PETSC: sau vedeți -

[1]EROARE PETSC: sau încercați - pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[1]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[1]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.

[2] EROARE PETSC: -------------------------------------------- ----------------------------

[2] EROARE PETSC: Semnal prins numărul 11 ​​SEGV: Încălcarea segmentării, probabil memorie acces în afara razei de acoperire

[2]EROARE PETSC: Încercați opțiunea -start_in_debugger sau -on_error_attach_debugger

[2]EROARE PETSC: sau vedeți -

[2]EROARE PETSC: sau încercați - pe GNU/linux și Apple Mac OS X pentru a găsi erori de corupție a memoriei

[2]EROARE PETSC: configurați folosind --with-debugging=yes, recompilați, conectați și rulați

[2]EROARE PETSC: pentru a obține mai multe informații despre accident.


MPI_ABORT a fost invocat la rangul 3 în comunicatorul MPI_COMM_WORLD cu codul de eroare 59.

NOTĂ: invocarea MPI_ABORT face ca Open MPI să oprească toate procesele MPI. Este posibil să vedeți sau nu rezultate din alte procese, în funcție de exact când Open MPI îi ucide.


[karae16-VirtualBox:05661] Încă 5 procese au trimis mesaj de ajutor help-mpi-api.txt / mpi-abort [karae16-VirtualBox:05661] Setați parametrul MCA „orte_base_help_aggregate” la 0 pentru a vedea toate mesajele de ajutor / eroare

Victor Eijkhout avatar
drapel cn
Problema ta nu este cu paralelismul, ci cu gestionarea memoriei. Dacă instalați o versiune de depanare a petsc, veți obține o mai bună raportare a erorilor despre unde se întâmplă eroarea de segmentare.

Postează un răspuns

Majoritatea oamenilor nu înțeleg că a pune multe întrebări deblochează învățarea și îmbunătățește legătura interpersonală. În studiile lui Alison, de exemplu, deși oamenii își puteau aminti cu exactitate câte întrebări au fost puse în conversațiile lor, ei nu au intuit legătura dintre întrebări și apreciere. În patru studii, în care participanții au fost implicați în conversații ei înșiși sau au citit transcrieri ale conversațiilor altora, oamenii au avut tendința să nu realizeze că întrebarea ar influența – sau ar fi influențat – nivelul de prietenie dintre conversatori.