Eroare de sintaxă în timpul utilizării Sfârșitul mesajului (EOM) într-o buclă while în scriptul shell ubuntu

Am un cod care conține o comandă în care utilizatorului i se solicită să selecteze o opțiune dintre cele afișate în meniu. Acest lucru trebuie executat în mod repetat de mai multe ori, prin urmare am folosit bucla while. Acum, am folosit metoda EOM (Sfârșitul mesajului) pentru a da intrare atunci când vi se solicită. În timpul utilizării, am observat că această metodă produce următoarea eroare atunci când este executată. Am restrâns bug-ul la această parte a codului (linia 80 la 83) și nu reușesc să trec asta.

Vă rog să mă ajutați să rezolv asta.

Liniile în care apare eroarea:

TEMP="q"
gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
$TEMP
EOM

Eroare:

./Run_Pull_Code.sh: 105: Eroare de sintaxă: sfârșitul fișierului neașteptat (se așteaptă „terminat”)

Vă rugăm să găsiți următorul cod complet (consultați rândurile de la 80 la 83 aici):

#!/bin/sh
# Comentariul de mai sus setează fișierul sh să fie executat ca interpret (linie cu linie)

# Găsirea directorului de lucru curent
BASEDIR=$(pwd)
echo „În prezent sunt în următorul director:”
echo „$BASEDIR”
ecou " "


#################################################################### ########################################
# Setarea pozițiilor și scăderilor codului de tragere (Toate în nm)
#################################################################### ########################################
DECREMENT=0,5 #Pași în nm
RANGE=1 #De la cea mai înaltă la cea mai joasă poziție
MID_POS=9.327 #Observarea celei mai înalte molecule de apă (atomul de O) de pe suprafața apei
INIT_POS=$( echo "$MID_POS + $RANGE" | bc -l) # Poziția inițială
LAST_POS=$( echo "$MID_POS - $RANGE" | bc -l) # Poziția finală
CURR_POS=$INIT_POS # Atribuirea poziției inițiale ca poziție curentă


LOOP_CNT=0
în timp ce [ 1 -eq "$(echo "${LAST_POS} <= ${CURR_POS}" | bc)" ]
do 
    # incrementa valoarea
    LOOP_CNT=$( ecou „$LOOP_CNT + 1” | bc -l)
    DISTANCE=$CURR_POS

    # Setarea numărului buclei (X) ca număr de cod de tragere pentru simulare (X)
    SIM_CNT=$LOOP_CNT

    # Realizarea directoarelor (1) X_Pull (2) X_Pull/Making
    DIR_NAME_MAIN=$SIM_CNT"_Pull"
    mkdir $DIR_NAME_MAIN
    DIR_NAME_MAKING=$SIM_CNT"_Trage/Efectuare"
    mkdir $DIR_NAME_MAKING
    
    ecou " "
    echo „Am făcut directoarele”.
    ecou " "

    # Copierea fișierelor din folderul de cerințe preliminare în folderul nou creat
    cp Cerințe preliminare/Avo_decanol.pdb Cerințe preliminare/water_box.pdb $DIR_NAME_MAKING
    cp Cerințe preliminare/simulation_file.mdp Cerințe preliminare/topol.top $DIR_NAME_MAIN
    
    #################################################################### ########################################
    # Realizarea casetei de simulare „pull_sim.gro”
    #################################################################### ########################################
    cd $DIR_NAME_MAKING
    #(1) Fixați distanța decanolului de la suprafața apei și faceți singura cutie de decanol cu ​​aceeași dimensiune ca cea a cutiei de apă
    DISTANTA=9,5 
    gmx_mpi editconf -f Avo_decanol.pdb -o Dec_box.pdb -center 2.5 2.5 $DISTANCE -box 5 5 12
    #(2) CREAREA fișierelor cat HEADER ȘI ENDER CONSTANT în format PDB
    #Primele 4 rânduri ale oricărui fișier PDB conțin informații despre dimensiunea casetei și numele etc.
    #Copiați doar cele patru linii într-un fișier separat HEADER PDB prin următoarea comandă.
    sed -n '1,4p' Dec_box.pdb > HEADER.pdb
    #Ultimele 2 linii sunt, de asemenea, comune tuturor fișierelor PDB, prin urmare copiați-le într-un fișier ENDER PDB prin următoarea comandă.
    sed -n '38,39p' Dec_box.pdb > ENDER.pdb
    #(3) Separați proprietățile atomului decanol de fișierul său PDB (linia 5 până la 37) prin următoarea comandă
    sed -n '5,37p' Dec_box.pdb > file_1.pdb
    #(4) Separați proprietățile atomului de apă din fișierul PDB (linia 5 până la 15004) prin următoarea comandă
    sed -n '5,15004p' water_box.pdb > file_2.pdb
    #(5) Acum conectați toate fișierele de mai sus cu fișierul PDB de la suprafața apei în următoarea secvență:
    cat HEADER.pdb fișier_1.pdb fișier_2.pdb ENDER.pdb > pull_sim.pdb
    #(6) Rearanjați tot numărul de atomi din pull_sim.pdb și convertiți-l într-un fișier GRO, fișier pull_sim.gro.
    gmx_mpi editconf -f pull_sim.pdb -o pull_sim.gro -center 2.5 2.5 6.0 -box 5.0 5.0 12.0 -resnr 1

    # Copierea fișierului pull_sim.gro creat recent din folderul de creare în folderul anterior
    cd ../
    cp Making/pull_sim.gro ./
        
    ecou " "
    echo „Cutia de tragere a fost creată”.
    ecou " "
    
    #################################################################### ########################################
    # Pornirea simulării
    #################################################################### ########################################
    # (1) Realizarea fișierului index
    TEMP="q"
    gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
    $TEMP
    EOM
    # (2) Crearea fișierului tpr din modulul grompp
    gmx_mpi grompp -f simulation_file.mdp -p topol.top -c pull_sim.gro -n index.ndx -maxwarn 0 -o nvt.tpr
    # Ștergerea întregului conținut
    clar
    ecou " "
    echo „####################************ Simulare de tragere: $LOOP_CNT *********** #####################"
    ecou " "
    # (3) mdrun
    gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt -nb gpu -pme gpu -pmefft gpu -bonded gpu
        
    # Mutarea înapoi la folderul principal
    cd ../
    
    # Scăderea distanței pentru următoarea buclă
    CURR_POS=$( echo "$CURR_POS - $DECREMENT" | bc -l)
Terminat
    
#clar
ecou " "
ecou "Complet"
ecou " "