Încerc să potrivesc fișierele RMN cu fișierele lor de volum.
Fundal:
Link către fișiere: https://wiki.cancerimagingarchive.net/pages/viewpage.action?pageId=68550661#68550661171ba531fc374829b21d3647e95f532c
Fișierele RMN au calea fișierului:
./manifest-1599764098812/Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-51743/11.000000-staxial-290000-staxial-29000-objectrs1-txial-2009 .dcm
Fișierele de volum au calea fișierului cu un ID unic lung:
./STLs/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001-ProstateSurface-seriesUID-1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.26671796998434398196300225838177184902
Am o listă (mriIdList.txt) care conține toate fișierele ID, astfel încât primul RMN al pacientului 1 să fie pe prima linie și așa mai departe. Un pacient poate avea mai multe RMN și fiecare RMN are propriul său ID. De asemenea, vreau să etichet directorul părinte al fișierelor .dcm, deoarece voi procesa folderul de fișiere. Numerele din numele fișierelor RMN sunt lipsite de sens. Observați spațierea dintre numele fișierelor.
Soluție încercată:
#!/bin/bash
găsi . -nume „*{t2}*”
xargs -a ./mriIdList.txt -I {} -d'\n'
sed 's/.$1/.$1$2/'
Acesta este primul meu script, așa că sunt sigur că e încurcat în altă parte, dar problema mea este că „găsește” trece prin directoare într-un mod optimizat pentru memoria computerului. Trebuie să găsesc fișiere RMN de la stânga la dreapta. (adică de la Prostate-MRI-US-Biopsy-0001 la Prostate-MRI-US-Biopsy-0002). Ideea mea generală este să găsesc directoare etichetate „t2”, să parcurg lista de ID-uri și să atașez ID-ul la acel director. După aceea, aș folosi ID-ul pentru a potrivi RMN-urile cu volumele lor.
Exemplu:
Am creat un exemplu de director aici: https://drive.google.com/drive/folders/17Gcl-IOjFzHKnIKEHVllLFDhcdR35E5c?usp=sharing
Primul pacient (Prostate-MRI-US-Biopsy-0001) are 1 RMN. Calea fișierului ar trebui să se schimbe în ceva de genul
/Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-51743/11.000000-t2spcrstaxial oblProstate-9023.61.141.61.14. 1,266717969984343981963002258381778490221
Al doilea pacient nu are RMN, așa că ar trebui să fie ignorat.
Al treilea pacient are 3 RMN. Primul RMN ar trebui să fie
Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0003/05-01-2006-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-62671/3.000000-t2spcrstaxialp2-33258_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.186749128823666050588710146976747922803
Al doilea:
Prostată-MRI-US-Biopsie/Prostată-Mri-Us-Biopsy-0003/09-21-2008-NA-MRI PROSTAT W WO contrast-86577/9.000000-T2SPCRSTAXIAL Oblprostate-31608_1.3.6.1.4.1.14519.5.1.1.134581986918990936073888191919191899091
Al treilea:
Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0003/10-17-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-68997/9.000000-t2spcrstaxial oblProstate-97825_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.196285102861067055900322921931257124293
După aceea, aș putea trece fișierele RMN și STL într-un script python pentru a extrage caracteristicile imaginii, deoarece au același ID. Ar fi 1 fișier RMN care se potrivește și 1 fișier STL la un moment dat. Voi accepta orice sfat și despre această operațiune.
Orice ajutor sau sugestie ar fi foarte apreciat.
