înregistrare Logare
Puncte:0
khanhlpbao avatar Ubuntu

Există vreo modalitate de a încărca fișiere în RAM pentru un calcul mai rapid

drapel cn
khanhlpbao

Acum studiez Bioinformatica. Lucrez cu programe de aliniere precum BWA. Mă întreb dacă există comenzi sau directoare care îmi permit să copiez fișierul fastq de pe hard disk-uri în RAM și să efectuez toate aliniamentele și calculele pe el, imprimând doar ieșirea pe hard disk. Sau cel puțin poate funcționa cu RAM

101
0 + 0
RAM
drapel in
matigo
Da, ai putea folosi un disc RAM. Cât de mult RAM aveți și cât de mari sunt fișierele cu care doriți să lucrați?
0
Răspunde
khanhlpbao avatar
drapel cn
khanhlpbao
@matigo Am 20 GB de RAM și fiecare fișier fastq este de aproximativ 2-3 GB maxim
0
Răspunde
drapel in
matigo
Aceste fișiere nu sunt prea mari. Nu aș fi surprins dacă sunt încărcate automat în tampoanele sistemului de fișiere (RAM) dacă software-ul le citește mult.Acestea fiind spuse, puteți folosi cu siguranță unul dintre cele două răspunsuri de mai jos pentru a dedica puțină memorie și pentru a efectua câteva teste de comparație pentru a vedea dacă copierea fișierelor în RAM reduce timpul total de procesare
0
Răspunde
vanadium avatar
drapel cn
vanadium
Sunt de acord cu matigo. Sunt șanse, dacă sacrifici RAM-ul pentru un ramdisk, s-ar putea să nu vezi îmbunătățiri, deoarece se duce în detrimentul cache-ului discului.
0
Răspunde
Puncte:3
avatar Ubuntu
drapel pe
cmak.fr

ați putea folosi RAMFS pentru a crea/monta un director în RAM, apoi copiați fișierele în el. Există și o altă modalitate de a obține ceea ce îți dorești vmtouch

sudo mkdir -p /mnt/ram
sudo mount -t ramfs /mnt/ram
sudo chmod 755 /mnt/ram

cp /path/to/myFile /mnt/ram/myFile

Desigur, conținutul de /mnt/ram se va pierde la demontare sau/și repornire

Eliberați fișierele ram montate temporar:

sudo umount /mnt/ram
sudo rmdir /mnt/ram
0 + 0
khanhlpbao avatar
drapel cn
khanhlpbao
Mulțumesc, am nevoie doar de el temporar pentru calcul, există o comandă pentru a reporni montura după ce am terminat calculul?
0
Răspunde
drapel pe
cmak.fr
@khanhlpbao vezi răspunsul editat, am adăugat comenzi pentru demontarea RAM-ului termic când calculul este făcut
0
Răspunde
Puncte:1
C.S.Cameron avatar Ubuntu
drapel cn
C.S.Cameron

Mkusb Frugal Persistent Live Instalare cu toram

mkusb: https://help.ubuntu.com/community/mkusb, creează instalări persistente Live Frugal care vor porni toram.

Instalarea Frugal poate fi încărcată pe USB sau pe discul intern.

Cred că asta face un sistem foarte rapid, dacă ai suficientă memorie RAM.

Datele dintre sesiuni sunt salvate pe o partiție de suprapunere ext4 persistentă. De asemenea, puteți adăuga partiții de date FAT32 și NTFS.

0 + 0
Puncte:0
Artur Meinild avatar Ubuntu
drapel vn
Artur Meinild

Ubuntu (și alte distribuții Linux) vin deja cu un disc ram premontat /dev/shm. Dimensiunea acestui disc ram este jumătate din memoria RAM (deci în cazul OP 10 GB).

În loc să creați încă un alt disc ram, este perfect să faceți un folder în interior /dev/shm, copiați fișierele acolo și eliminați folderul din nou după aceea.

Exemple:

$ mkdir /dev/shm/myfiles
$ cp /path/to/myfiles /dev/shm/myfiles
$ face orice /dev/shm/myfiles
$ rm -R /dev/shm/myfiles
0 + 0
drapel romania
SEF 777
întrebarea această in alte limbi:

Postează un răspuns

Majoritatea oamenilor nu înțeleg că a pune multe întrebări deblochează învățarea și îmbunătățește legătura interpersonală. În studiile lui Alison, de exemplu, deși oamenii își puteau aminti cu exactitate câte întrebări au fost puse în conversațiile lor, ei nu au intuit legătura dintre întrebări și apreciere. În patru studii, în care participanții au fost implicați în conversații ei înșiși sau au citit transcrieri ale conversațiilor altora, oamenii au avut tendința să nu realizeze că întrebarea ar influența – sau ar fi influențat – nivelul de prietenie dintre conversatori.