înregistrare Logare
Puncte:0
avatar Ubuntu

problema de compilare a bioptools (facă)

drapel jp
MTG

[ubuntu 20.04.3]

Incerc sa instalez programul (https://github.com/ACRMGroup/bioptools) și au această eroare când rulez make (urmând instrucțiunile de instalare)

(bază) marcin@marcin-Lenovo-ideapad-Y700-15ISK:~/bioptools-1.9/src$ makeenter code aici
(cd libsrc/bioplib/src; make)
make[1]: introduceți catalogul „/home/marcin/bioptools-1.9/src/libsrc/bioplib/src”

[...]

gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AddNTerHs.o -c AddNTerHs .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ApMatPDB.o -c ApMatPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AppendPDB.o -c AppendPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AtomNameMatch.o -c AtomNameMatch .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcCellTrans.o -c CalcCellTrans .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcChiPDB.o -c CalcChiPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcCterCoords.o -c CalcCterCoord .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcRMSPDB.o -c CalcRMSPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcTetraHCoords.o -c CalcTetraHCo .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CopyPDB.o -c CopyPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CopyPDBCoords.o -c CopyPDBCoord .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o DNAtoAA.o -c DNAtoAA .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o DupePDB.o -c DupePDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ExtractZonePDB.o -c ExtractZonePDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FNam2PDB.o -c FNam2PDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindAtomInRes.o -c FindAtomInRes .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindNextChainPDB.o -c FindNextChainPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindNextResidue.o -c FindNextResidu .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindResidue.o -c FindResidue .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindResidueSpec.o -c FindResidueSpec .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindZonePDB.o -c FindZonePDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitCaCbPDB.o -c FitCaCbPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitCaPDB.o -c FitCaPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitPDB.o -c FitPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FixCterPDB.o -c FixCterPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCGPDB.o -c GetCGPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCofGPDBRange.o -c GetCofGPDBRange .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCofGPDBSCRange.o -c GetCofGPDBSCRange .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCrystPDB.o -c GetCrystPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBByN.o -c GetPDBByN .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBChainLabels.o -c GetPDBChainLabels .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBCoor.o -c GetPDBCoor .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o HAddPDB.o -c HAddPDB .c
HAddPDB.c: În funcția âblOpenPGPFileâ:
HAddPDB.c:1388:31: avertisment: âsprintfâ poate scrie un nul final după sfârșitul destinației [-Wformat-overflow=]
 1388 | sprintf(buffer,"%s/%s",datadir,basename);
      | ^
HAddPDB.c:1388:10: notă: âsprintfâ scoate 2 sau mai mulți octeți (presupunând 161) într-o destinație de dimensiunea 160
 1388 | sprintf(buffer,"%s/%s",datadir,basename);
      | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o InPDBZone.o -c InPDBZone .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o InPDBZoneSpec.o -c InPDBZoneSpec .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o IndexPDB.o -c IndexPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KillPDB.o -c KillPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KillSidechain.o -c KillSidechain .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KnownSeqLen.o -c KnownSeqLen .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o LegalAtomSpec.o -c LegalAtomSpec .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o MovePDB.o -c MovePDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o NumericAlign.o -c NumericAlign .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o OrderPDB.o -c OrderPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o OriginPDB.o -c OriginPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o PDB2Seq.o -c PDB2Seq .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ParseRes.o -c ParseRes .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSSPDB.o -c RdSSPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedant -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSecPDB.o -c RdSecPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSeqPDB.o -c RdSeqPDB .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ReadCSSR.o -c ReadCSSR .c
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ReadPDB.o -c ReadPDB .c
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 de la /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:24,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 de la /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uconfig.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uconfig.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:25,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 de la /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uvernum.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uvernum.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:379,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/urename.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/urename.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:39,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uversion.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uversion.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:217,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf8.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf8.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:218,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf16.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf16.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:221,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:150,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:221,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 de pe /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:428:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  428 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:470:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  470 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:517:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  517 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:548:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  548 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:574:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  574 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:610:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  610 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:631:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  631 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:651:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  651 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:659:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  659 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:53,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:23,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:53,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/localpointer.h:1:1: eroare: comentariile în stil C++ nu sunt permise în ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 și ulterioare: Unicode, Inc. și alții.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/localpointer.h:1:1: notă: (acest lucru va fi raportat o singură dată pentru fiecare fișier de intrare)
În fișierul inclus din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 din /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 din ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:952:9: avertisment: jetoane suplimentare la sfârșitul directivei #endif [-Wendif-labels]
  952 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
make[1]: *** [Makefile:125: ReadPDB.o] eroare 1
make[1]: ieșire din catalogul „/home/marcin/bioptools-1.9/src/libsrc/bioplib/src”
make: *** [Makefile:16: bioplib] eroare 2
38
0 + 2
drapel hr
steeldriver
Procesul de compilare pare să localizeze fișierele antet sub `/home/marcin/anaconda3/include/` în loc de `/usr/include` a sistemului - nu sunt sigur că este de dorit. Poate aveți câteva variabile legate de compilator (`CFLAGS` etc.) în mediul dvs.?
0
Răspunde
drapel jp
MTG
@steeldriver mulțumesc :) Tocmai am deactvate conda base env și problema rezolvată!
0
Răspunde
drapel romania
SEF 777
întrebarea această in alte limbi:

Postează un răspuns

Majoritatea oamenilor nu înțeleg că a pune multe întrebări deblochează învățarea și îmbunătățește legătura interpersonală. În studiile lui Alison, de exemplu, deși oamenii își puteau aminti cu exactitate câte întrebări au fost puse în conversațiile lor, ei nu au intuit legătura dintre întrebări și apreciere. În patru studii, în care participanții au fost implicați în conversații ei înșiși sau au citit transcrieri ale conversațiilor altora, oamenii au avut tendința să nu realizeze că întrebarea ar influența – sau ar fi influențat – nivelul de prietenie dintre conversatori.