Puncte:1

Ubuntu

Duplicați la fiecare două linii de un număr variabil de ori

LML

21.10.2022, 13:50

Am mai multe fișiere .fasta (care sunt numite cod de bare*_consensus.fasta) care arată astfel:

>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT

Aș dori să dublez/repet la fiecare două rânduri de n număr de ori, așa cum este specificat după „total de citiri de sprijin”. Așa că, de exemplu, aș dori să dublez primele două rânduri de 12 ori, a doua rânduri de 6 ori etc.

Cu awk, am reușit să selectez fiecare linie care începe cu „>” și următoarea linie:

awk '/>/{nr[NR]; nr[NR+1]} NR in nr' cod de bare01_consens.fasta

Dar nu pot afla cum să printez acest număr de n ori cu o variabilă.

Orice ajutor este mult apreciat.

Actualizat: Așa că aș dori ca fișierul final să arate ceva de genul:

|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000 TCATTAACCAACAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTT

....x de 12 ori....

2 + 0

Linie de comanda

procesarea textului

Puncte:1

Ubuntu

glenn jackman

21.10.2022, 14:32

Aș folosi spațiu sau subliniere ca separator de câmp. Apoi, numărul este al 8-lea câmp:

awk -F'[ _]' '
    $1 ~ /[>|]+consens$/ {n = $8; imprimare; Următorul}
    {în timp ce (--n >= 0) se imprimă}
' dosar

ieșire

>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT

Pentru a imprima fiecare pereche de linii n ori necesită doar modificări minore:

awk -F'[ _]' '
    $1 ~ /[>|]+consens$/ {prima linie = $0; n = 8 $; Următorul}
    {while (--n >= 0) print first line ORS $0}
' dosar

ieșire

>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
>>|>consensus_cl_id_1018_total_supporting_reads_12 LN:i:1369 RC:i:12 XC:f:1.000000
TCATTAACCACAAAAGTGGTGAGCGTTCTCCCGAAGGTTAAACTACCCACTTCTTTTGCAGCCAACTCCCATGGTGTGACGGG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_107_total_supporting_reads_6 LN:i:1440 RC:i:6 XC:f:1.000000
GACTTCAGCCCAGTCATTAGTCCTACCATGGACCCCCATATTACTAGAGGAGCTTCCGATATTACTAACTCCCATGCCGTGACGGGCG
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT
|>consensus_cl_id_116_total_supporting_reads_5 LN:i:1314 RC:i:558 XC:f:1.000000
AGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCTACCTTCGGGGGAGCGGCGGACGGGTTAGTAACGCGTGGGAATAT

0 + 1

LML

21.10.2022, 15:29

Mulțumesc! Acest lucru funcționează pentru cea mai mare parte, totuși, aș dori să tipărim ambele linii 1+2 de n ori și aceasta tipărește doar a doua linie de n de ori. Mi-am actualizat întrebarea pentru a clarifica acest lucru într-un mod mai bun.

Răspunde

Puncte:0

Ubuntu

steeldriver

21.10.2022, 16:06

Bănuiesc că există un set de instrumente bioinformatic adecvat care ar face ceea ce doriți mai puternic, dar cu GNU awk ați putea potrivi și captura numărul repetat, cum ar fi

uita-te
  /^>?[|]>/ {
    if((getline seq) > 0) $0 = $0 ORS seq
  } 
  potrivire($0,/total_supporting_reads_([0-9]+)/,a) {
    în timp ce(a[1]--) imprimă
  }
' file.fasta

Puteți face același lucru cu awk non-GNU, cu excepția faptului că ar trebui să extrageți porțiunea numerică a potrivirii ca subșir folosind RSTART și RMATCH valorile în loc să le capteze într-o matrice.

0 + 0

SEF 777

întrebarea această in alte limbi:

EN: Duplicate every two lines a variable number of times

TH: ทำซ้ำทุก ๆ สองบรรทัดในจำนวนตัวแปร

RO: Duplicați la fiecare două linii de un număr variabil de ori

RU: Дублировать каждые две строки переменное количество раз

VI: Sao chép mỗi hai dòng một số lần thay đổi

Postează un răspuns

Majoritatea oamenilor nu înțeleg că a pune multe întrebări deblochează învățarea și îmbunătățește legătura interpersonală. În studiile lui Alison, de exemplu, deși oamenii își puteau aminti cu exactitate câte întrebări au fost puse în conversațiile lor, ei nu au intuit legătura dintre întrebări și apreciere. În patru studii, în care participanții au fost implicați în conversații ei înșiși sau au citit transcrieri ale conversațiilor altora, oamenii au avut tendința să nu realizeze că întrebarea ar influența – sau ar fi influențat – nivelul de prietenie dintre conversatori.