Am instalat anaconda3 încercând să rulez o anumită conductă, dar cred că am întâlnit erori de incompatibilitate.
Pentru anaconda am creat un mediu cu conda create -n name python=3.6 dar se pare că unele fișiere python care rulează de acolo se uită către python 2.7. De exemplu, primesc această eroare
Fișier „/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/bin/bamCoverage”, rândul 5, în <modul>
din deeptools.bamCoverage import main
Fișierul „/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamCoverage.py”, rândul 8, în <modul>
din deeptools import writeBedGraph # Acesta ar trebui să fie transformat direct într-un bigWig
Fișierul „/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/writeBedGraph.py”, rândul 9, în <modul>
din deeptools.utilities import getCommonChrNames
Fișierul „/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/utilities.py”, linia 4, în <modul>
din deeptools.bamHandler import openBam
Fișierul „/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamHandler.py”, rândul 2, în <modul>
import pysam
Fișierul „/home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py”, rândul 5, în <modul>
din import pysam.libchtslib *
ImportError: /home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/libchtslib.so: simbol nedefinit: _Py_ZeroStruct
De asemenea, dacă lucrez în mediul anaconda, de exemplu, cum ar fi
conda activa cutruntools2.1
(cutruntools2.1) stella@IBP10382:~$ python
Python 3.6.13 | ambalat de conda-forge | (implicit, 19 februarie 2021, 05:36:01)
[GCC 9.3.0] pe Linux
Tastați „ajutor”, „drept de autor”, „credite” sau „licență” pentru mai multe informații.
>>> import deeptools.misc
>>> de la deeptools.bamCoverage import main
>>> import sys
Se pare că nu primesc erori de import, așa cum pare în prima bucată de cod. Dar pe python după dezactivare, nu pot importa aceste module, deoarece este o altă versiune de python. Rularea comenzii bash care apelează toate scripturile python etc din interiorul mediului nu o rezolvă nici.
Aș aprecia orice comentarii sau unde să caut pentru a mă indica greșeala.
Mulțumiri!
