înregistrare Logare
Puncte:1
avatar Server

Nu se poate instala pachetul rgdal R pe clusterul de calcul - Linux

drapel in
Andrea Cristiano

Încerc să instalez pachetul R rgdal pe HPC la universitatea mea. Am introdus comanda obișnuită folosită pentru orice alte pachete, care au fost instalate corect, dar nu pentru „rgdal”.

install.packages ("rgdal")

Mesajul de eroare de ieșire este următorul:

configure: eroare: gdal-config nu a fost găsit sau nu este executabil

Bănuiesc că acest lucru se întâmplă deoarece R caută gdal-config în directorul R partajat al clusterului, dar instalarea pachetelor este permisă numai în bibliotecile personale. De fapt, când am încercat să instalez alte pachete (și au funcționat normal, aici voi folosi „readr” ca exemplu) am primit următorul avertisment:

Avertisment în install.packages("readr"):
„lib = „/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library”” nu poate fi scris
Doriți să utilizați o bibliotecă personală? (da/nu)

Am spus da la asta și am fost întrebat

Doriți să creați o bibliotecă personală
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
pentru a instala pachete în? (da/nu)

După ce ați confirmat da, așa cum sa menționat anterior, celelalte pachete au fost instalate corect și funcționează bine. Cu toate acestea, când încercați să instalați „rgdal” nu există niciun mesaj de avertizare, iar printre celelalte ieșiri există

configurați: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R

Deci cred că dintr-un anumit motiv „rgdal” caută gdal-config în biblioteca partajată, care nu poate fi scrisă, mai degrabă decât cea personală. Deoarece gdal-config nu este acolo, instalarea este anulată.

Am căutat aceeași problemă și practic toate soluțiile sugerate necesită utilizarea sudo, dar nu am permisiunea să fac asta.Deci, cred că ceea ce caut este o modalitate de a-i spune lui „rgdal” să facă totul în biblioteca personală, mai degrabă decât în ​​cea partajată.

Ai idee despre cum să faci asta?

378
0 + 0
digijay avatar
drapel mx
digijay
Setați variabila de mediu `GDAL_CONFIG_FILE` la fișierul de configurare din directorul dvs. de acasă și încercați din nou. [Acest link](https://gdal.org/user/configoptions.html) ar putea fi de ajutor.
1
Răspunde
drapel in
Andrea Cristiano
Mulțumesc pentru sugestie. Sunt destul de nou în acest sens și nu am găsit modalitatea potrivită de a face acest lucru. Cum setez variabila de mediu?
0
Răspunde
digijay avatar
drapel mx
digijay
este simplu: deschideți un terminal (ctrl+alt+T) și introduceți `GDAL_CONFIG_FILE=/path/to/your/gdal-config-file`, apoi încercați să reporniți instalarea în acel terminal.
0
Răspunde
drapel in
Andrea Cristiano
Iti multumesc din nou. Problema părea să fie de fapt diferită și a trebuit să cer asistență inginerilor de configurare HPC. Au instalat gdal pe cluster, dar acum se pare că există o altă problemă, GDALAllRegister nu este găsit în libgdal. Voi încerca să mențin acest subiect actualizat în cazul în care cineva are aceeași problemă în viitor.
0
Răspunde
drapel romania
SEF 777
întrebarea această in alte limbi:

Postează un răspuns

Majoritatea oamenilor nu înțeleg că a pune multe întrebări deblochează învățarea și îmbunătățește legătura interpersonală. În studiile lui Alison, de exemplu, deși oamenii își puteau aminti cu exactitate câte întrebări au fost puse în conversațiile lor, ei nu au intuit legătura dintre întrebări și apreciere. În patru studii, în care participanții au fost implicați în conversații ei înșiși sau au citit transcrieri ale conversațiilor altora, oamenii au avut tendința să nu realizeze că întrebarea ar influența – sau ar fi influențat – nivelul de prietenie dintre conversatori.